Orta əsr Ağsu şəhəri XVIII əsrdə əhalisinin sayına və ərazisinə görə Azərbaycanın ən böyük şəhəri idi. 1735-ci ilin mayında Nadir şah tərəfindən Ağsu kəndi yaxınlığında tikdirilən qala uzun müddət bu bölgədə ən əhəmiyyətli iqamətgah olub. Ağsu qalası Nadir şaha qarşı Şirvan zadəganlarının üsyanlarının da mərkəzi hesab edilir.
Müxtəlif vaxtlarda şəkili Hacı Çələbi xan və Məhəmmədhəsən xan, qubalı Hüseynəli xan, Fətəli xan və Şeyxəli xan, Ağa Məhəmməd şahın sərdarları Mustafa xan Dəvəli və Əliqulu xan, rus sərkərdəsi qraf Valeryan Zubov, Naibüssəltənə Abbas Mirzə bu qalaya hücum edib, mühasirədə saxlayıb, bəziləri hətta ələ də keçirib. XVIII əsrin məşhur səyyahları bu qala haqqında məlumat veriblər.
Ərazidə ilk arxeoloji kəşfiyyat işləri 1983-cü ildə Ağsu-İsmayıllı ekspedisiyası tərəfindən aparılıb.
Qazıntılar zamanı aşkarlanan daş döşənmiş küçə və yollar, su və kanalizasiya xətləri, sənətkarlıq emalatxanaları və s. öz dövrü üçün müasir mütərəqqi şəhər mədəniyyətindən xəbər verir. Evlərin iç və çöl divarları, döşəməsi, damı, habelə təndir və ocaqları Şirvanda xüsusi süxurdan alınan və “şirə” adlandırılan məhlulla boyanıb. Bu boyaq məhlulu evlərə gözəllik verməklə yanaşı, onları yağışdan qorumaq funksiyasını da yerinə yetirib. 
Şəhər yerində ən maraqlı emalatxanalardan biri boyaqçı dükanıdır. Buradan aşkar olunan boyaq tozları Türkiyənin Mərmərə Universitetinin əməkdaşı tərəfindən öyrənilib. Bəlli olub ki, həmin boyaq maddəsi boyaqotundan (latınca “Rubia Tinctorium L”) əldə edilib.
Araşdırmalar zamanı ərazidə maraqlı memarlıq həlli olan iri ictimai binalar – yeraltı hamam, Cümə məscidi və buzxana da üzə çıxarılıb. Şəhərin 3 tərəfində böyük qəbiristanlığın qalıqları mövcuddur.
Orta əsr Ağsu şəhərində aşkar olunan və şərti olaraq şəhərin “Cümə məscidi” adlandırılan nisbətən iri ölçülü bina hələlik Ağsuda aşkar edilən ən möhtəşəm tikinti qalığıdır. Məscidin divarlarının bünövrə hissəsi çay daşından, divarları isə çiy kərpicdən inşa edilib.
Qeyd edək ki, 2019-cu il oktyabr ayının 22-də Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin sərəncamı ilə “Orta əsr Ağsu şəhəri” Arxeoloji Turizm Kompleksinin bazası əsasında “Orta əsr Ağsu şəhəri” Dövlət Tarix-Mədəniyyət Qoruğu yaradılıb.
